本系因應政府國家經貿政策，產業自動化需求，結合澎湖地區的地方特色，發展離島運輸產業，培育我國海運、空運、港埠、貿易等相關事業之中、高階經營管理及實務科技人才。推動學生畢業前取得三證照會(語言、電腦、專業)，增加就業競爭優勢。

本系課程設計強調理論與實務並重，以實務知識及技能之養成為經，而以解決實務問題所必備之專業知識及技能為緯進行規劃。在課程之內容上，以海運、空運課程為主，而以一般管理、國際貿易相關課程為輔，以達到科技大學學生應具備之實務操作處理能力，並以培育學生具有發覺問題及解決問題之能力為目標。
目前建教合作公司計有19家，海運產業(沛華、超捷等)、空運產業(民航局、航空公司等)提供實習之機會、以增加學生日後就業競爭力。

本系目前有專任教師7位，2位教授，2位副教授，3位助理教授，博士學位教師有7位，師資專長涵蓋海運、空運、物流及管理。教學設備上因應空運業等自動化之需求，成立航空訂位票務實習教室及通關自動化教室，並開設航空訂位系統、商業自動化、通關自動化系統等課程。

學生畢業之後，可在民營公司、航空公司、海空貨運承攬公司、船務公司、報關行及貿易公司等航運事業機構擔任要職，也可經由高普考及特考進入公家機構，如民航局、港務局及交通部等單位擔任公職。

本系未來發展上，將因應業界實際人才之需求，健全教學及課程的設計與調整，並充分彰顯本系之師資結構，落實學生之學習成效，充分達成本系之教育目標與特色。